Vanligtvis används i olika mikroskop för att göra det lättare att observera olika fluorescerande fenomen. De vanligaste mikroskopen som används av filter är fluoresceringsmikroskop, laser, skanning kofokuserad fluoresceringsmikroskop (LSCM), kofokuserad mikroskop och fullt internt reflekterande fluoresceringsmikroskop (TIRFM). Används främst inom livsvetenskap och biomedicin, huvudrollen är att separera och välja ämnen i biomedicinska fluoresceringsinspektionsanalyssystem i det karakteristiska bandspektret för stimulerat ljus och emitterande fluorescering.